El LMI-ELDORADO se organiza en torno a 3 equipos verticales centrados en un modelo de estudio (vectores, vertebrados y humanos), así como 8 equipos transversales que abordan aspectos más técnicos. Cada uno de estos equipos transversales tiene como objetivo la animación científica a través de los 3 modelos de estudio, así como la creación de sinergias entre los diferentes proyectos.